藥廠工藝流程設(shè)計是一項非常復(fù)雜而細(xì)致的工作，除極少數(shù)非常簡單又比較成熟的工藝流程外，都要經(jīng)過由淺入深、由定性到定量、反復(fù)推敲和不斷完善的過程。一般工藝流程設(shè)計可按如下基本工作程序進(jìn)行。
一、工藝路線的選擇
當(dāng)一種產(chǎn)品存在若干種不同的工藝路線時，應(yīng)從工業(yè)化實(shí)施的可能性、可靠性和先進(jìn)性的角度，對各工藝路線進(jìn)行全面細(xì)致的分析和研究，并確定一條最優(yōu)的工藝路線，作為工藝流程的設(shè)計依據(jù)。
二、確定工藝流程的組成和順序
根據(jù)選定的工藝，確定工藝流程的組成。
在確定產(chǎn)品、產(chǎn)品方案（品種、規(guī)格、包裝方式）、設(shè)計規(guī)模（年工作日、日工作班次、班生產(chǎn)量）及生產(chǎn)方法的條件下，按GMP的要求對產(chǎn)品的生產(chǎn)工藝過程按產(chǎn)品類別和品種劃分成若干個工序，確定每一步加工單元操作的生產(chǎn)環(huán)境、潔凈級別、人凈物凈措施要求、制劑加工、包裝等主要生產(chǎn)工藝設(shè)備的工藝技術(shù)參數(shù)和載能介質(zhì)的規(guī)格條件。
三、繪制工藝流程框圖
當(dāng)工藝路線及工藝流程的組成和順序確定之后，可用方框、文字和箭頭等形式定性地表示出由原料變成產(chǎn)品的路線和順序，繪制成工藝流程框圖。
工藝流程框圖是物料衡算、設(shè)備選型、公用工程（種類、規(guī)格、消耗）、車間布置等項工作的基礎(chǔ)，需要在設(shè)計工作中不斷進(jìn)行修改和完善。
四、繪制工藝流程示意圖
在工藝流程框圖的基礎(chǔ)上，分析各過程的主要工藝設(shè)備，在此基礎(chǔ)上，以圖例、箭頭和必要的文字說明定性地表示出由原料變成產(chǎn)品的路線和順序。
在生產(chǎn)路線確定后，物料衡算之前給出。由物料流程和設(shè)備組成，包括以一定幾何圖形表示的設(shè)備示意圖，設(shè)備之間的豎向關(guān)系，全部原輔料、中間體、三廢名稱及流向，必要的文字注釋。
五、繪制物料流程圖
當(dāng)工藝流程示意圖確定之后，即可進(jìn)行物料衡算和能量衡算。此時設(shè)計由定性轉(zhuǎn)為定量。
工藝流程示意圖完成后，開始進(jìn)行物料衡算，再將物料衡算結(jié)果注釋在流程中，即成為物料流程圖。它說明車間內(nèi)物料組成和物料量的變化，單位以批（日）計（對間歇操作）或以小時計（對連續(xù)操作）。物料流程圖作為初步設(shè)計的成果，需編入初步設(shè)計說明書中。
六、繪制初步設(shè)計階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖
帶控制點(diǎn)的工藝流程圖是指各種物料在一系列設(shè)備（及機(jī)械）內(nèi)進(jìn)行反應(yīng)（或操作）最后變成所需要產(chǎn)品的流程圖。當(dāng)物料流程圖確定之后，即可進(jìn)行設(shè)備、管道的工藝計算及儀表自動控制設(shè)計。在此基礎(chǔ)上，可繪制出初步設(shè)計階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖，并列出設(shè)備一覽表。最后，將帶控制點(diǎn)的工藝流程圖作為設(shè)計的正式成果編入初步設(shè)計階段的設(shè)計文件中。
七、繪制施工設(shè)計階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖
初步設(shè)計階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖經(jīng)過審查批準(zhǔn)后，按照初步設(shè)計的審查意見，對工藝流程圖中所選用的設(shè)備、管道、閥門、儀表等做必要的修改、完善和進(jìn)一步的說明。在此基礎(chǔ)上，可繪制出施工階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖。
在通常的二段設(shè)計中，初步設(shè)計階段的主要成果是初步設(shè)計階段的帶控制點(diǎn)的工藝流程圖；在施工圖設(shè)計階段的主要成果是施工階段的帶控制點(diǎn)的工藝流程圖。