一、生產工藝設備的防污染管理
在食品工廠潔凈室內產品生產過程中生產設備的塵粒污染是不可忽視的，據資料介紹，在大規模集成電路生產過程中生產設備的發塵量要占總微粒污染量的30％左右，可見其影響之大。污染的類型，除了影響制作微細圖形的微塵污染外，還有可使器件特性惡化的鈉、鉀等堿金屬和銅、鐵等重金屬分子或分子級污染。所謂生產設備的污染，雖然有的是生產工藝固有的污染，但是還有源設備制作材料、生產過程的原輔材料（包括反應氣體、輸送氣體、吹掃氣體和清洗用純水等），工器具使用不當和機械運動及其潤滑劑等的各類污染。還有在產品生產過程中由于操作失誤也會造成不應有污染。從各種食品工廠潔凈室內產品生產的實踐表明，加強食品工廠潔凈室內產品生產過程中生產工藝和設備的管理，確是降低室內污染程度提高產品質量的重要措施。要十分認真細致地觀察潔凈室內的生產設備在運轉過程中可能發塵的情況，特別是運輸裝置、運動部件、機械手等可能成為污染源；還有各類泵、風機等的電動機內部軸承之間摩擦的發塵情況等，并針對這些污染源的情況制訂相應的管理措施和必要的對策。
二、食品工廠凈化空調系統設備的管理
食品工廠凈化空調系統裝置是確保食品工廠潔凈室內空氣潔凈度等級的主要設備，包括各類空氣過濾器、潔凈工作臺、層流罩、空氣吹淋室、傳遞窗、空調裝置等的正常維護、定期檢查和規定的測試認證等。
食品工廠潔凈室的凈化空氣，可按《潔凈廠房設計規范》中的附錄B的規定進行監測。在下列任一情況下，應更換高效空氣過濾器
①氣流速度降到最低限度，即使更換初效、中效空氣過濾器后，氣流速度仍不能增大
②高效空氣過濾器的阻力達到初阻力的1.5-2倍；
③高效空氣過濾器出現無法修補的滲漏
三、食品工廠動力公用設施的管理
這些設施是實現潔凈室正常、安全運行的重要裝置，包括水、電、氣的供應系統以及通信、安全報警裝置等的日常維護、定期檢查和規定的測試、認證。
四、食品工廠設備和人身安全方面的管理
按規定記錄各類設備的運轉狀態及有關參數，記錄和分析定期檢查、維修、清洗狀況，尤其注意定期檢查轉動部件、通信和安全報警裝置以及自動裝置等的完好狀態。
建立各類設備技術狀況、運行檔案，將設備、儀器儀表說明書、產品資料以及圖紙資料等分類編號妥善保管；設備維修和儀器儀表校正的記錄；設備、儀器等的故障或事故記錄；運行記錄等均應分別匯編成冊保管，以便掌握設備、儀器的完好狀況和即時分析可能出現的各種問題，確保潔凈室的正常、安全運行。
五、定期檢驗、校正各類測試、測量儀器、儀表，確保測量、控制的準確、可靠，若采用計算機管理、監控時，應定期檢查、校核其運轉情況，并注意即時留下必要的記錄。